1672 m. Žemaičių ir Babtų seniūno Viktorino Mlečkos teikimu karalius Mykolas Kaributas Višnioveckis įsteigė Vandžiogalos bažnyčios filiją – Babtų šv. Apašt. Petro ir Povilo bažnyčią ir skyrė jaidu valakus žemės. Tai buvo pirmoji bažnyčia Babtuose. 1774m. įkurta jau savarankiška Babtų parapija. 1771 m. dvarininko Prozoro lėšomis bažnyčia atnaujinta, bet per 1830 m. gaisrą ji sudegė. Tais pačiais metais, toje pačioje vietoje ir ant tų pačių pamatų pastatyta laikina apvalių rąstų bažnytėlė. Babtų parapijos klebonas Mikalojus Petraševičius ėmėsi atstatyti sudegusią bažnyčią. Jis paaukojo savo pinigus ir 1851 m. pradėjo statybą.
