1672 m. Žemaičių ir Babtų seniūno Viktorino Mlečkos teikimu karalius Mykolas Kaributas Višnioveckis įsteigė Vandžiogalos bažnyčios filiją – Babtų šv. Apašt. Petro ir Povilo bažnyčiąir skyrė jaidu valakus žemės. Tai buvo pirmoji bažnyčia Babtuose. 1774m. įkurta jau savarankiška Babtų parapija. 1771 m. dvarininko Prozoro lėšomis bažnyčia atnaujinta, bet per 1830 m. gaisrą ji sudegė. Tais pačiais metais, toje pačioje vietoje ir ant tų pačių pamatų pastatyta laikina apvalių rąstų bažnytėlė. Babtų parapijos klebonas Mikalojus Petraševičius ėmėsi atstatyti sudegusią bažnyčią. Jis paaukojo savo pinigus ir 1851 m. pradėjo statybą. Vyskupas Motiejus Valančius statybai skyrė 550 rublių. 1853 m. bažnyčia jau buvo pastatyta, bet neįrengta. Stogas dengtas čerpėmis. 1853 m. pamokslai buvo sakomi lietuvių ir lenkų kalbomis. Pastatas medinis, pailgo plano, su dvišlaičiu stogu, be bokštų. Yra tik mažas bokštelis priekyje ant kraigo. Virš didžiųjų durų iš lauko pusės didžiulis krucifiksas. Priekiniai ir šoniniai langai dideli, su pusiau apskritomis arkomis. 1860 m. gegužės 7 d. Bažnyčia buvo pašventinta.
Bažnyčios didysis altorius – liepos medžio. Jis išpuoštas kolonomis, dviem medinėmis šv. Petro ir šv. Pauliaus skultūromis. Altoriuje – Švč. Mergelės Marijos paveikslas, su variniu, vietomis paauksuotu ir pasidabruotu skydu. Virš jo didelis krucifiksas.
Šoniniai altoriai yra du. Viename iš jų yra Švč. Mergelės Marijos su kūdikiu paveikslas. Taip pat šv. Juozapo paveikslas. Kitame – šv. Antano ir Trijų karalių paveikslai.
Babtų bažnyčioje švenčiami atlaidai: Birželio 13 d. – šv. Antano Paduviečio; Birželio 29 d. – šv. Apašt. Petro ir Povilo; rugsėjo 8 d. – Švč. Mergelės Marijos Gimimo.
Parapijoje dirbę klebonai:
