Muniškių kaimas yra kairiajame Nevėžio krante, 7 km. Į pietus nuo Babtų. Pirmą kartą istoriniuose dokumentuose minimas 1744 m. Iki XIX a. vidurio kaimas ir ten buvęs dvaras priklausė bajorams Zaleskiams. 1848 m. jie pastatė Jėzaus Nukryžiuotojo bažnyčią. Igno Zaleskio žmona Konstancija Zabielskaitė – Zaleskienė 1879 m. ją suremontavo. Veikė kaip Babtų parapijos filija, o 1912 m. įkurta savarankiška Muniškių parapija. Tais pačiais metais klebono Jono Eidimto ir parapijiečių rūpesčiu bažnyčia padidinta, pastatyta varpinė. Kilus Pirmajam pasauliniui karui, 1915 m. varpai išvežti į Rusiją. Laikotarpiu tarp dviejų pasaulinių karų bažnyčia vėl turėjo varpą.
Bažnyčia buvo medinė, eglinių rąstų, tradicinių formų. Virš durų didelis trijų padalų langas. Frontonas be langų ir puošmenų. Kraigo priekyje buvo užkeltas trijų dalių bokštelis, aštuonsienis, su barokiniu šalmu ir kryželiu. Šoniniai langai turėjo gotiškai suskaidytus stiklus ir smailias arkas. Pristatyta šoninė zakristija. Sienos statmenai apmuštos dailylentėmis ir pagyvintos keliais neritmiškai sudėtais piliastrais. Prie bažnyčios yra kapinės.
1962 m. sovietų valdžios potvarkiu Muniškių bažnyčia buvo uždaryta, varpinė,klebonija ir kiti ūkiniai pastatai buvo nugriauti, pati bažnyčia paversta sandėliu, parapija išdalinta Babtų, Raudondvario, Vilkijos parapijoms. Varpas buvo išvežtas į Babtų bažnyčią. Bažnyčios inventorius pateko į įvairias bažnyčias, nemaža dalis sunyko. 1992 m., jau laisvoje Lietuvoje, bažnyčia grąžinama tikintiesiems, bet suniokota ir tuščia. Babtų apylinkės ir tuometinio Babtų klebono Eimučio Marcinkevičiaus buvo užsimota greitai ją atstatyti, tačiau pradėti darbai nutrūko dėl architektų ir paminklų apsaugos darbuotojų nuomonių skirtumo ir lėšų stokos. 1993 m. Babtų klebonu paskiriamas kun. Jonas Stankevičius, Muniškių bažnytėlėje, kuri tuomet priklausė Babtų parapijai, rado niūrių vaizdą: naujai pradėtos mūryti sienos jau apirusios, bažnyčios vidus paverstas svetimų statybinių medžiagų sandėliu. Kunigas ryžosi pratęsti sustojusį bažnyčios atstatymą. Kauno paminklų apsaugos skyriuje išsirūpino leidimą atstatymo darbams. Tuometinis Babtų apylinkės viršaitis Algimantas Danauskas sutiko paremti savo lėšomis. Nugriauta dalis suirusių sienų, išmūritos naujos, pakeista stogo konstrukcija, užbaigtas dengti stogas. Bažnyčios teritorija, nukėlus gyventojų sandėliukus, aptverta metaline tvora. Iškraustytos bažnyčios vidaus patalpos. Už tikinčiųjų aukas įstatyti nauji langai, įvesta elektra. 1994 m. Babtų apylinkė paremti lėšomis neturėjo galimybės, taigi lėšų teko ieškoti įvairiuose kitose įstaigose. Už ponios Marijos Grabnickas, gyvenančios JAV, auką, buvo padarytos naujos durys. Iš Kauno r. Miškų ūkio gauta medienos bažnyčios grindims. 1995 m. Babtų seniūnijos seniūnas Jonas Praškevičius skyrė lėšų bažnyčios suolams pagaminti. Kauno augalinių veislių tyrimo stoties paramos dėka užbaigti vidaus apdailos darbai. Parapijietis p. Evaldas Drusys iš Sitkūnų kaimo atvežė juodžemio šventoriui išlyginti, Babtų komunalinis ūkis ne kartą pagelbėjo transportu. Dalis šventoriaus grindinio plytelių paaukojo Sitkūnų radijo stotis, kitos nupirktos parapijos klebono asmeninėmis lėšomis. Parapijiečiai išpjovė nudžiūvusius medžius, išlygino šventorių, sutvarkė aplinką. Sugrąžintas rastas Muniškių bažnyčios turtas – vienintelis altorius iš trijų buvusių, susigrąžintas iš Dotnuvos bažnyčios. Išliko sena klausykla ir fisharmonija bei keletas senų arnotų. Altorius buvo restauruotas ir pastatytas centre. Daugiau ką sirasti ir sugrąžinti nepavyko.
1996 m. spalio 13 d. buvo pakviestas Kauno arkivyskupas metropolitas Sigitas Tamkevičius SJ, kuris atliko pašventinimo apeigas. Kalbėjo iš kaimyninės parapijos kilęs vyskupas augziliaras Vladas Michelevičius, 1924 m. krikštytas Muniškių bažnytėlėje. Nemažas jaunuolių būrelis iškilmių proga priėmė Pirmąja šv. Komuniją. Šv. Mišiose dalyvavo seneliai ir nešgalieji iš Muniškių globos namų.
Muniškių parapijoje dirbę kunigai:
Parengta pagal : Babtų monografijos Marijos Markauskienės ir kun. Jono Stankevičiaus liudijimus.
